貨物流通稅收政策主要明確了“零關稅”政策的享惠主體，以及貨物進出海南自由貿(mào)易港與中華人民共和國關境外其他國家和地區(qū)之間（“一線”）、海南自由貿(mào)易港與中華人民共和國關境內(nèi)其他地區(qū)（內(nèi)地）之間（“二線”），以及在海南自由貿(mào)易港島內(nèi)流通的稅收政策等。

“零關稅”政策的享惠主體包括三類：一是在海南自由貿(mào)易港登記注冊且具有獨立法人資格的企業(yè)；二是海南自由貿(mào)易港內(nèi)的事業(yè)單位；三是由科技部、教育部會同民政部（或省級科技、教育主管部門會同省級民政部門）核定，并在海南自由貿(mào)易港登記的科技類、教育類民辦非企業(yè)單位。符合上述條件的市場主體，可根據(jù)自身生產(chǎn)經(jīng)營情況，自愿提出享惠主體認定申請；經(jīng)認定后，即可按規(guī)定享受相關“零關稅”政策。

“一線”進口實行進口征稅商品目錄管理。除國家規(guī)定禁止進口以及國家法律、行政法規(guī)明確規(guī)定不予免稅或保稅的貨物外，在“一線”對進口征稅貨物實施目錄管理。目錄內(nèi)的進口貨物，照章征收進口關稅、進口環(huán)節(jié)增值稅和消費稅；享惠主體進口征稅商品目錄以外的貨物，免征進口關稅、進口環(huán)節(jié)增值稅和消費稅。

經(jīng)“二線”進入內(nèi)地須補繳進口稅收。“零關稅”貨物及其加工制成品經(jīng)“二線”進入內(nèi)地，按進口料件的相關規(guī)定補繳進口關稅、進口環(huán)節(jié)增值稅和消費稅；對鼓勵類產(chǎn)業(yè)企業(yè)生產(chǎn)的含進口料件且在海南自由貿(mào)易港加工增值超過30%（含）的貨物，經(jīng)“二線”進入內(nèi)地免征進口關稅，但照章征收進口環(huán)節(jié)增值稅和消費稅。

在海南自由貿(mào)易港內(nèi)，享惠主體間流通免于補繳進口稅收。“零關稅”貨物及其加工制成品在符合條件的享惠主體間流通，免于補繳進口關稅、進口環(huán)節(jié)增值稅和消費稅，但照章征收國內(nèi)環(huán)節(jié)增值稅和消費稅。若享惠主體將“零關稅”貨物及其加工制成品流通至海南自由貿(mào)易港內(nèi)的非享惠主體或個人，則須補繳進口關稅、進口環(huán)節(jié)增值稅和消費稅，并照章征收國內(nèi)環(huán)節(jié)增值稅和消費稅。

此外，貨物流通稅收政策還明確：內(nèi)地經(jīng)“二線”進入海南自由貿(mào)易港的貨物，按國內(nèi)流通管理；從海南自由貿(mào)易港經(jīng)“一線”離境的貨物，按出口管理。