2007年3月，中國國家博物館水下考古研究中心聯(lián)合海南省文物局，對華光礁一號沉船遺址進行了全面的大規(guī)模考古發(fā)掘。發(fā)掘期間，對華光礁、北礁、玉琢礁海域還做了水下考古調(diào)查，在華光礁、北礁各發(fā)現(xiàn)2處水下遺存。2008年12月，在對華光礁一號沉船遺址第二次發(fā)掘期間，又發(fā)現(xiàn)1處水下鐵炮遺存，共有4門，打撈其中1門。
2009年5月，中國國家博物館水下考古研究中心與海南省文物局合作，開展了西沙群島海域文物普查工作，對永興島、東島、浪花礁、玉琢礁、七連嶼一帶海域進行了水下考古調(diào)查，發(fā)現(xiàn)了11處水下文化遺存。
2010年4-5月，中國國家博物館再次組織西沙群島水下考古調(diào)查項目，繼2009年西沙群島海域宣德群島之后再次開展大規(guī)模水下考古調(diào)查工作，此次調(diào)查主要在永樂群島進行，包括華光礁、北礁、盤石嶼、銀嶼、石嶼、珊瑚島等島礁，還調(diào)查了宣德群島的趙述島、浪花礁。該年度調(diào)查了42處水下文化遺存，新發(fā)現(xiàn)遺址32處，取得了豐碩成果。其中，北礁海域調(diào)查的27處遺址中，新發(fā)現(xiàn)地點達19處，包括3處沉船遺址和15處水下遺物點。調(diào)查工作中，還進行了出水文物的初步保護與整理，規(guī)范了各類遺跡、遺物的記錄，這既保證了水下考古工作的科學性與規(guī)范性，又加深了對所發(fā)現(xiàn)遺存的認識。此次調(diào)查的42處水下遺存，其時代跨度大，涵蓋了北宋至清代各個時期，以北宋晚期至南宋早期、元代、明代中期、明代晚期、清代中晚期幾個階段的遺存尤為集中。在這些水下遺址中，發(fā)現(xiàn)并出水了一大批瓷器、碇石、石建筑構(gòu)件、銅錢等各類遺物標本。例如，北礁19號水下遺存，采集到“皇宋通寶”、“熙寧重寶”、“元豐通寶”、“崇寧重寶”、“洪武通寶”、“永樂通寶”等銘文銅錢數(shù)枚。尤為重要的是，石嶼二號沉船遺址發(fā)現(xiàn)的元代青花瓷器，這是我國水下考古工作中首次發(fā)現(xiàn)元青花，彌足珍貴。
2011年4月下旬至5月下旬、2012年4月至5月，為保護西沙水下文化遺產(chǎn)，中國國家博物館與海南省文物局、海南省西南中沙群島辦事處合作，組成西沙群島水下文化遺產(chǎn)執(zhí)法巡查工作隊，開展了西沙群島海域水下文化遺產(chǎn)保護狀況巡查和文物執(zhí)法督查工作期間，對華光礁、盤石嶼、玉琢礁、石嶼、銀嶼、七連嶼、北礁等海域的水下文化遺存保護狀況進行水下考古調(diào)查與執(zhí)法巡查工作。巡查中所見水下文化遺存，大部分遭到不同程度的盜掘，如盤石嶼一號、二號沉船遺址，石嶼二號、三號沉船遺址，銀嶼發(fā)現(xiàn)的沉船遺址和遺物點，盜掘現(xiàn)象十分嚴重，中心區(qū)域多數(shù)被盜掘一空，令人痛惜。
這些重要發(fā)現(xiàn)，對該海域水下文化遺存現(xiàn)狀有了明確的認識，為探討宋代以來海上絲綢之路興衰及其航線、古代航海技術(shù)、外銷商品種類等問題提供了豐富而又重要的實物資料。
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